有機物・無機物を問わず、すべての物質の最小単位を追究すると、原子の世界につき当たる。原子は、電子・陽子・中性子などの素粒子によって構成されている。
その構造の違いが、物質のさまざまな性質を決定する。この全物質のの共通の最小単位を、構造から分類したものが原子であり、その構造によってもたらされる物質の性質から分類したものが元素である。
分子は、同じ元素または異なる元素同士が結合して、特定の物質を構成している場合の単位である。