近年、食べ物の消化・吸収過程での腸内細菌の役割が注目されている。腸内細菌の中にはビタミン類を分解したり、あるいは合成したり、栄養成分を吸収したりするさまざまな働きを持っていることが、少しずつ分かってきている。
腸内分解酵素との相乗作用も考えられるので、非常に複雑である。人間の腸内にいる細菌の種類は、100種近くにも及び、総細菌数は100兆以上にも達するという。 糞便中の3分の1から4分の1は、腸内細菌の死骸である。