(1) バクテロイデス 呼吸器系、ストレス性潰瘍などの原因になったりする。
(2) 嫌気性連鎖球菌 硫化水素を作り,大腸菌を抑制する。
(3) ビフィズス菌 赤ん坊のときに多い菌。病気にかかると減少するといわれる。乳酸桿菌とともに腸内を酸性にし、有害なアンモニアの吸収を抑制する。
(4) 大腸菌、腸球菌、ブドウ球菌 常在しているが、バランスをこわして増えると、障害を及ぼす。ただし腸球菌は乳酸桿菌と同じような作用を持っている。