複合タンパク質は、核酸・リン酸・脂質・糖・金属などを含むタンパク質で、体の中できちんと分けられない物質である。
1) 糖タンバク質 炭水化物と結合しているタンバク質。軟骨、目などにあるムコイチン、コンドロイドなど
2) リンタンバク質 リン酸と結合しているタンパク質。牛乳のカゼインなど。
3) 色素タンパク質 ヘモグロビンが代表。
4) 核タンパク質 核酸と結合。細胞の核の主成分。