ペプシンは、胃液に含まれているタンバク質分解酵素。pH2という強酸性の中で最も活性を示す特別な酵素で、食べ物が胃の中に入ってきたときに分泌される胃酸と一緒になって、はじめてタンパク質をペプトンに変化させる。
ペプトンはタンバク質がアミノ酸まで分解する過程の中間体で、ペプシンが完全にタンパク質をアミノ酸まで分解するわけではない。ペプシンはそれ白身がタンバク質でできており、ペプシノーゲンという前駆体が自己分解してペプシンとなり、活性化する。
ペプシンとは、ギリシャ語のペプトス(煮たもの)に由来する。