牛乳は総合栄養素であると同時に、しばしぱアレルギーの原因(アレルゲン)となることがある。子供にこの牛乳アレルギーがよく見られるが、一般的には、大人になるにつれて症状は軽くなる。
逆に、日本人の場合は、大人になってから牛乳を飲むと下痢をするという人がいる。これも牛乳アレルギーの一つで、腸内細菌が関係しているという説と酵素不足という説がある。